تم التوقيع للبروتوكول الصحى بين السودان وتركيا فى 2007.3.17 وقد وقع من الجانب السودانى السيدة وزير الصحة السابقة تابيتا بطرس ومن الجانب التركى السيد وزير الصحة رجب أك داغ .
يشمل البروتوكول عدة جوانب منها التدريب وعلاج المرضى والتوعية والزيارات الميدانية للأطباء بين البلدين بما يؤدي إلى تبادل وإكتساب الخبرات من التجارب التركية المتقدمة في المجال الصحي والعلاجي . ومن أهم مكتسبات البروتوكول؛ علاج الحالات التي لا يوجد لها علاج في السودان حيث يكون العلاج على نفقة الحكومة التركية بما يشمل الفحوصات والعلاج والإنتظار في المستشفى. ويتكفل المريض بتذاكر السفر ومصاريف السكن فى تركيا .
وفقاً لما إتفق عليه البلان فإن عدد الحالات المسموح بعلاجها سنوياً بالبروتوكول الطبي هى مائة حالة فقط ونسبةً لعدم إلمام المواطنين بالبروتوكول فى بداية التوقيع عليه كانت نسبة وصول المرضى لا تتعدى العشرة حالات في السنة حتى العام 2011.
بذلت السفارة ممثلةً في شخص السيد السفير عمر حيدر جهوداً كبيرة وذلك بالتنسيق مع مع وزارتي الصحة والمالية في السودان. وفى العام 2013 تم تعيين موظف معني بمتابعة شؤون المرضى بالتنسيق بين القمسيون الطبى ووزارة الصحة إدارة العلاج الدولى وتلا ذلك زيادة مستوى الإعلان عن وجود فرص علاجية للحالات المستعصية في دولة تركيا.
يواجه برنامج البروتوكول الصحي عدة مشاكل أبرزها وجود بعض الأدوية والمعدات التى تستخدم فى علاج المريض خارج نطاق البروتوكول كما هو الحال في معظم أمراض السرطان والمسائل التي تتعلق بعمليات نقل الأعضاء، ويتفاجأ المريض بأن عليه دفع تكلفتها المالية العالية جداً. ويبلغ العدد الإجمالي للحالات التي تم علاجها عبر البروتوكول الصحي 625 موزعة كالتالي:
الحالة
السنة التي تم فيها العلاج
87
2013
88
2014
94
2015
96
2016
98
2017
94
2018
68
2019
لا يوجد رصد محدد لعدد الحالات التي تم علاجها منذ العام 2020م وحتى 2022م وذلك بسبب تعليق العمل ببرنامج البروتوكول الصحي نسبةً لتفشي جائحة كورونا .